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__init__() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
(pybedtools.cbedtools.Interval method)
(pybedtools.contrib.IntersectionMatrix method)
(pybedtools.contrib.plotting.BedToolsDemo method)
(pybedtools.contrib.plotting.ConfiguredBedToolsDemo method)
(pybedtools.contrib.plotting.Track method)
(pybedtools.contrib.plotting.TrackCollection method)

A

absolute_distance() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
add_color() (in module pybedtools.featurefuncs)
all_hits() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
annotate() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
any_hits() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
as_intervalfile() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
at() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

B

bam_to_bed() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
bam_to_bigwig() (in module pybedtools.contrib.bigwig)
bam_to_fastq() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
bed2gff() (in module pybedtools.featurefuncs)
bed6() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
bedgraph_scale() (in module pybedtools.featurefuncs)
bedgraph_to_bigwig() (in module pybedtools.contrib.bigwig)
bedpe_to_bam() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
BedTool (class in pybedtools.bedtool)
BedToolsDemo (class in pybedtools.contrib.plotting)
bgzip() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
bigbed() (in module pybedtools.contrib.bigbed)
bigbed_to_bed() (in module pybedtools.contrib.bigbed)
binary_heatmap() (in module pybedtools.contrib.plotting)
binary_summary() (in module pybedtools.contrib.plotting)

C

cat() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
center() (in module pybedtools.featurefuncs)
chromsizes() (in module pybedtools.helpers)
chromsizes_to_file() (in module pybedtools.helpers)
cis_trans_interactions() (in module pybedtools.contrib.long_range_interaction)
classify() (pybedtools.contrib.MultiClassifier method)
cleaned_intersect() (in module pybedtools.contrib.venn_maker)
cleanup() (in module pybedtools.helpers)
closest() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
cluster() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
colormap_normalize() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
complement() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
ConfiguredBedToolsDemo (class in pybedtools.contrib.plotting)
count() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
count_hits() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
coverage() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
create_interval_from_list() (in module pybedtools.cbedtools)
cut() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

D

debug_mode() (in module pybedtools)

E

each() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
example_bedtool() (in module pybedtools.bedtool)
example_filename() (in module pybedtools.filenames)
expand() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
extend_fields() (in module pybedtools.featurefuncs)

F

field_count() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
file_type (pybedtools.bedtool.BedTool attribute)
filter() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
five_prime() (in module pybedtools.featurefuncs)
flank() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

G

genome_coverage() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
get_chromsizes_from_ucsc() (in module pybedtools.helpers)
get_tempdir() (in module pybedtools.helpers)
gff2bed() (in module pybedtools.featurefuncs)
greater_than() (in module pybedtools.featurefuncs)
groupby() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

H

head() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

I

igv() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
intersect() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
IntersectionMatrix (class in pybedtools.contrib)
Interval (class in pybedtools.cbedtools)
introns() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

J

jaccard() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

L

less_than() (in module pybedtools.featurefuncs)
liftover() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
links() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
list_example_files() (in module pybedtools.filenames)

M

map() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
mask_fasta() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
merge() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
midpoint() (in module pybedtools.featurefuncs)
moveto() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
multi_bam_coverage() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
multi_intersect() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
MultiClassifier (in module pybedtools.contrib)

N

normalized_to_length() (in module pybedtools.featurefuncs)
nucleotide_content() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

O

overlap() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

P

pair_to_bed() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
pair_to_pair() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
parallel_apply() (in module pybedtools.parallel)
(pybedtools.bedtool.BedTool method)
print_sequence() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
print_table() (pybedtools.contrib.MultiClassifier method)
pybedtools.contrib.venn_maker (module)
pybedtools.scripts.annotate (module)
pybedtools.scripts.intersection_matrix (module)
pybedtools.scripts.intron_exon_reads (module)
pybedtools.scripts.py_ms_example (module)
pybedtools.scripts.venn_gchart (module)
pybedtools.scripts.venn_mpl (module)

R

random() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
random_jaccard() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
random_op() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
random_subset() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
randomintersection() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
randomintersection_bp() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
randomstats() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
relative_distance() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
reldist() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
remove_invalid() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
rename() (in module pybedtools.featurefuncs)

S

save_seqs() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
saveas() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
seq() (pybedtools.bedtool.BedTool static method)
sequence() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
set_bedtools_path() (in module pybedtools.helpers)
set_chromsizes() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
set_tempdir() (in module pybedtools.helpers)
shuffle() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
slop() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
sort() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
split() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
subtract() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

T

tabix() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
tabix_intervals() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
tag_bam() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
tag_bedpe() (in module pybedtools.contrib.long_range_interaction)
three_prime() (in module pybedtools.featurefuncs)
to_bam() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
total_coverage() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
Track (class in pybedtools.contrib.plotting)
TrackCollection (class in pybedtools.contrib.plotting)
truncate_to_chrom() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
TSS() (in module pybedtools.featurefuncs)

U

union_bedgraphs() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

V

venn_maker() (in module pybedtools.contrib.venn_maker)

W

wig_to_bigwig() (in module pybedtools.contrib.bigwig)
window() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
window_maker() (pybedtools.bedtool.BedTool method)
with_attrs() (pybedtools.bedtool.BedTool method)